SRTP/ZRTP hat gar nichts mit Zertifikaten zu tun.
SRTP wird wie ein Codec dynamisch ausgehandelt. Wenn Asterisk kein SRTP unterstützt, dann wird man auch kein SRTP nutzen. Wenn SRTP ausgehandelt wurde, wird dies durch ein Symbol in PhonerLite gekennzeichnet.

Der Schlüsselaustausch per ZRTP funktioniert auch nur, wenn sich zwei IP-Nebenstellen unterhalten. Wenn du also beispielsweise zwei PhonerLite-Instanzen an deinem Asterisk registrierst und ein PhonerLite den anderen PhonerLite anruft.
Aber selbst dann muss es noch nicht funktionieren, wenn denn Asterisk die RTP-Pakete überprüft und nicht einfach durchreicht. Für diesen Fall gibt es "ZRTP-Masquerading". Dafür habe ich jedoch erst in der aktuellen Beta-Version was eingebaut - und da auch nur passiv. Wenn du also eine Gegenstelle hast, welche diese Masquerading-Variante benutzt, dann schwenkt PhonerLite auch darauf um. Man kann das derzeit nur manuell durch Bearbeiten der "sipper.ini" für ein Profil freischalten. Dazu muss man einen Schlüssel ""ZRTP_Masquerade=1" bei dem entsprechenden Profil hinzufügen. Mangels passender Gegenstellen konnte ich aber noch nicht wirklich die Kompatibilität testen.
Siehe dazu auch hier.