Ja, das ist leider ein bekanntes Problem. Bei einem "echten" Telefon wird die Nummer gewählt, so wie sie eingegeben wird. Bei einem PC-Programm haben die Leute Nummern in den seltsamsten Formaten. Wenn man also eine Nummer "+49 (123) 456789" hat, dann ist alles relativ klar. Wird die gleiche Nummer als "49123456789" eingegeben, dann ist schon wieder nicht alles so klar. Die "49" muss beispielsweise weggenommen werden und statt dessen eine Null vorangestellt werden. 
Deine Nummer ist nun leider so lang, dass Phoner davon ausgeht, dass eine Vorwahl dabei ist - aber die Null voran vergessen wurde.
Wenn du also möglichst immer mit Vorwahl wählst, umgehst du solche Probleme. Falls du eh VoIP nutzt, kannst du auch PhonerLite verwenden. Dort wird die Nummer exakt so "gewählt", wie sie der Benutzer eingibt. Da erfolgt keinerlei Analyse der Nummer.