Hab jetzt endlich rausgefunden, woran es wirklich liegt. Es ist NICHT die Tatsache, dass ich Phoner aus einer .bat heraus starte.
Okay, dass ich jetzt genau wüsste, woran es liegt, ist übertrieben, warum Phoner sich so verhält, weiß ich nicht, aber ich konnte jetzt reproduzierbar feststellen, dass Phoner immer dann (und nur dann) alle Adressbrucheinträge "verliert", wenn der explorer.exe Prozess beendet und neu gestartet wird. Aufgrund eines Problems mit Systray Icons lasse ich das hier beschriebene .bat
https://social.technet.microsoft.com/Forums/windows/en-US/1a205b44-edd4-48fd-96b... (die beschriebene Variante 2, allerdings natürlich nicht als admin sondern als angemeldeter Benutzer, für das Skript braucht man ja keine erhöhten Privilegien) regelmäßig beim Systemstart mitlaufen.
Ich habe es jetzt einmal getestet und die Befehle aus der .bat händisch eingegebe, das Löschen der Registrierungseinträge stört Phoner rein gar nicht (würde mich auch wundern), sondern es ist reproduzierbar immer die gleiche Sache:
Wird der Windows Explorer (explorer.exe) beendet und neu gestartet, während der Prozess von Phoner (phoner.exe) läuft, dann (und nur dann, dafür aber nachprüfbar jedes Mal), verliert Phoner die Adressbuchkontakte und das Buch ist wieder leer.
Dasselbe passiert übrigens nicht nur, wenn man die explorer.exe aus einer .bat heraus beendet und danach neu startet, auch, wenn ich direkt aus dem Windows Task Manager heraus den "Windows Explorer" neu starte, verliert Phoner sein Adressbuch.
Seltsam...