PhonerLite ist ein eigenständiges Programm hat rein gar nichts mit Skype und anderen Programmen zu tun.
Was ich mir vorstellen könnte: Benutzt du ein Headset, welches über HID steuerbar ist (hat beispielsweise einen Button zur Rufannahme)? Wenn sich mehrere Programme dieses Headset "teilen", so bekommen mehrere Programme den Rufstatus vom Headset gemeldet.
Sollte das bei dir der Fall sein, so müsstest du PhonerLite so konfigurieren, dass es dein Headset als reine Soundkarte nutzt. Das würde so sein, wenn du in PhonerLite nicht das Headset als Sound-Device auswählst, sondern stattdessen "Default". Wenn du jetzt noch das Headset als Default-Kommunikations-Device festlegst, dann sollte es gehen.