Zuerst mal ein dickes Lob: Phoner und Phoner Lite sind die einzigen Programme die bei meinem Setup wirklich funktionieren.

Trotzdem beobachte ich zwei Sachen die mich etwas irritieren:

1. Ich höre keinen Klingelton bei ausgehenden Gesprächen. Die verschiedenen Kombinationen mit/ohne HID und Vorauswahl der Quellen für Mikro und Lautsprecher habe ich in der Konfiguration schon durchgespielt

2. Ich habe etwa 4 Sekunden Versatz bevor der "in-Codec" anspringt und ich meine Gesprächspartner höre. 
Es dauert ca. 4 Sekunden nach Annahme des Gesprächs auf der Gegenseite bis bei "in" der Codec A-Law angezeigt wird und ich die Gegenstelle höre.

Beim Wählen ist im Übrigen kein Eintrag für den Codec bei "in" zu sehen, ich würde denken hier sollte G.722 stehen.

Ich gebe zu dass meine Konfiguration etwas ausgefallen ist:

Ich verwende einen Draytek 2925Vac als Dual WAN router mit Loadbalancing an dem 2 Fritzboxen (7490 und 7360) angeschlossen sind.
Die Fritzboxen verwalten meine separaten SIP Accounts (7490 mit 3 und die 7360 mit einer Leitung). Auf beiden ist ein jeweils ein IP-Telefon eingerichtet das sich über die Konfiguration in Phoner (Lite) auch sauber ansprechen lässt.

Wie gesagt: Das einzige Problem ist der fehlende Klingelton bei ausgehenden Gesprächen und der Zeitversatz von ca. 4 Sekunden bevor der "in" Codec anspringt.

Irgendeine Idee woran das liegen könnte?

Das Verhalten ist identisch.
Kein Klingeln beim Anruf und ca. 4 Sekunden Zeitverzögerung bis die erste Sprachinformation am Programm ankommt.

Ich hatte das gleiche Problem. Bei mir lag es daran, dass ich per WLAN mit dem korrekten Netzwerk verbunden war, mein LAN Adapter aber eine IP aus einem anderen Netzwerk hatte.

Phoner versuchte bei mir vermutlich, erst die Ethernet Verbindung zu nutzen und brauchte etwas, um auf WLAN zu schwenken.

LAN Adapter deaktivieren oder ins richtige Netzwerk packen hat bei mir geholfen.