Diese URL-Handler müssen in die Registry geschrieben werden. PhonerLite merkt sich die nicht selber, sondern liest die bei einem Neustart aus der Registry wieder aus.
Die Registry-Einstellungen gelten pro angemeldetem Benutzer. Wenn man sich also unter einem anderen Benutzernamen bei Windows anmeldet, muss man die Einstellungen erneut vornehmen.

Ich kann bei mir kein derartiges Problem feststellen. Wenn du nur PhonerLite beendest und neu startest, dann sind die URL-Protokolhandler-Einstellungen schon "verschwunden"? Oder geschieht dies nach einem Neustart/Neuanmeldung von Windows?

Dann benutzt du irgendeinen Registry-Cleaner oder einen sonstigen "Schutz", der die Einträge in der Registry wieder zurücksetzt. 
Eine andere Erklärung wäre, dass du dich mit einem anderen Benutzernamen anmeldest.