PhonerLite muss diese Protokollhandler in der Registry setzen. PhonerLite speichert sich das also gar nicht selbst, sondern liest auch aus der Registry aus, ob das dort gesetzt ist.
Verwendest du irgendeine Cleaner-Software, welche solche Registry-Einträge wieder bereinigt? Bei mir bleiben die Einträge erhalten.

Wenn du bei dir PhonerLite startest und aktivierst beispielsweise "callto:". Dann beendest du PhonerLite und startest es neu - dann zeigt PhonerLite bei "callto:" kein Häkchen mehr? Oder passiert das tatsächlich erst nach einem Rechner-Neustart? PhonerLite hätte damit aber nichts zu tun.
Entweder meldest du dich mit einem anderen Benutzer-Account bei Windows an, oder dein Windows bereinigt solche Änderungen.