Wie du selbst erkannt hast, kann nur ein Profil aktiv sein und somit ist auch nur eine Nummer erreichbar.
Als Notbehelf kann man PhonerLite zwei mal in unterschiedliche Verzeichnis installieren/entpacken. Mindestens eine Instanz muss in einem Verzeichnis liegen, für welches der Benutzer volle Schreibrechte hat. Unterhalb von "C:\Programme (x86)" geht das nicht, da dort der Benutzer normalerweise kein Schreibrecht hat.
Das sehe ich aber nur als Notbehelf.

Ich selbst habe ein Fritzbox, an welcher ich ich mit PhonerLite registriere. Die Fritzbox selbst hat wiederum mehrere externe Registrierungen zu den Anbietern. In der Fritzbox kann man eingehende Rufe entsprechend auf die Nebenstellen verteilen. Für ausgehende Rufe müsste man einen Prefix wählen, um eine andere externe Leitung zu bekommen.

Ich entwickle PhonerLite nur für meinen Eigenbedarf und da benötige ich keine mehrere parallele Profile. Deshalb werde ich das auch nicht einbauen.

Dann sollte es mit den zwei Instantzen ja kein Problem geben.