Wir verwenden auf mehreren Rechnern Phoner.
Auf den meisten Rechnern funktioniert es ohne Probleme.
Auf ein paar passiert es aber dass Phoner beim Neustart die Sound-Einstellungen verliert. 

Unter Optionen -> Sound sind Aufnahmegerät und Wiedergabegerät verstellt. 

Bei manchen Benutzern ist unter %appdata%\Phoner\Phoner.ini der Schlüssel [[Sound][Aufnahmegerät=]] ohne Wert (leer) auch wenn man ein Gerät auswählt.

Ein Workaround, der temporär funktioniert ist:
An den Einstellungen so lange rumspielen, bis Phoner mal den richtigen Eintrag in die ini-Datei gespeichert hat und dann die Datei im Explorer auf schreibgeschützt setzen. Dies ist aber keine dauerhafte Lösung.

Dieses Problem kann ich nicht nachvollziehen. Du meldest dich an Windows auch immer mit dem gleichen Benutzer an?
Wenn eine ausgewählte Soundkarte nicht vorhanden ist (per USB abgesteckt, Remote-Desktop-Sitzung, ...), dann wird sie auch nicht angezeigt.

@ Lukasjan
Du verwendest auch Phoner - oder PhonerLite?

Sind alle Einstellungen weg oder tatsächlich nur die Soundgeräte? Hat sich an den Soundgeräten in Windows auch nichts geändert? 
Solange ich das Problem bei mir nicht nachstellen kann, kann ich auch nichts dagegen tun. Wenn man beispielsweise per Remote Desktop auf den Rechner geht, dann ändert sich die komplette Sound-Hardware. Kann so was hier ausgeschlossen werden?