Wenn man in PhonerLite unter Konfiguration auf Speichern klickt, dann werden nur die SIP-Einstellungen gespeichert (sipper.ini). Tut man das während eines Rufs, dann werden in der Tat bestehende Rufe abgebaut. Das geht nicht anders. Geänderte SIP-Einstellungen haben zur Folge, dass "sipper.dll" neu geladen wird.

Änderst du andere Einstellungen außerhalb der Konfigurations-Seite, dann werden diese beim Programmende gespeichert (PhonerLite.ini). 
Wenn du also eine andere Soundkarte auswählst, brachst du nicht auf Speichern klicken. Die Soundkartenauswahl hat unmittelbare Auswirkung.