PhonerLite steuert nur den Lautstärkemixer von Windows. Wenn ich beispielsweise in PhonerLite mit gedrückter Strg-Taste auf den Mikrofon-Button klicke, erscheint der Windows-Dialog zum Einstellen der Sound-Geräte. Auf der Seite "Aufnahme" solltest du dein richtiges Gerät finden. Klicke dieses an und drücke dann den "Eigenschaften"-Button. Es sollte sich ein neues Fenster öffnen, wo es auch die Seite "Pegel" gibt. Wenn du dort den Regler verschiebst, sollte sich zeitgleich in PhonerLite auch der Mikro-Regler verschieben und eben auch umgekehrt. 
Ist das bei dir auch der Fall? 
Manche Headsets haben noch eine eigene Lautstärke-Taste. Achte mal darauf, dass du diese nicht benutzt.