Wenn du die neue Version beispielsweise in ein anderes Verzeichnis installierst, dann wäre das eine Erklärung. Dann wären aber auch alle Einstellungen und die Logbucheinträge nicht mehr vorhanden.

PhonerLite speichert das Telefonbuch in der Datei "phonebook.csv". Der Pfad wäre der Gleiche, wie der für die Einstellungen (sipper.ini). Im Debug-Fenster sieht man direkt nach dem Start eine Zeile mit "Loading profiles from configuration file:". Dahinter kannst du den Pfad sehen.