Du kannst ja auch eine speziell für PortableApps erstellte Version herunterladen (PhonerLite_1.98.paf.exe). Dann klappt das auch mit den Updates aus PhonerLite heraus.
Ich versuche schon seit Ewigkeiten, dass PhonerLite direkt bei PortableApps gelistet wird - bisher vergebens.

Um ehrlich zu sein, habe ich bisher keinerlei Feedback dazu bekommen, dass überhaupt jemand die portable Version von PhonerLite nutzt. 
Davon abgesehen kann man beide Programme (Phoner und PhonerLite) in einer ZIP-Variante herunterladen und auf dem USB-Stick entpacken und dort portabel nutzen. Wenn man jedoch die integrierte Update-Möglichkeit nutzt, wird immer das Setup heruntergeladen. Das ist auch der einzige Vorteil der portablen PhonerLite-Version, dass diese auch wieder die portable Version herunterlädt.
Wenn man also immer nur bei neuen Versionen wieder die ZIP-Version entpackt, dann ist auch alles gut.