ISDN überträgt die Nummer immer am Stück und ohne führende Nullen, dafür aber mit einem Flag, das sagt, um was für eine Art Nummer (international, national, privat, ...) es sich handelt.
Phoner setzt dann entsprechend einfach den passenden Präfix (ist ja konfigurierbar) davor. Zu deinem Beispiel: Es wird 0032... gemeldet - die Vorwahl (AC = Area Code) hat keinen führenden Präfix.

Lediglich für das Logbuch und den Rufeingangsdialog versucht Phoner die Nummer zu zerlegen, also in Ländercode und Vorwahl aufzudröseln.

Rufe aus dem eigenen Land kommen (zumindest in Deutschland) ohne Ländercode aus, aber mit Vorwahl (auch wenn sie aus dem gleichen Ortsbereich kommen).