Die Registrierung ist dazu da, dem Server (in deinem Fall die Fritzbox) deine Adresse mitzuteilen, unter welche du erreichbar bist.
Bei einer externen Registrierung (also übers Internet) musst du also auch deine externe (öffentliche) IP-Adresse mitteilen. Dazu muss PhonerLite jedoch erst mal die öffentliche IP-Adresse kennen. Und genau dafür gibt es zwei Möglichkeiten:
Wenn dein Router (hinter dem sich PhonerLite befindet) kein UPnP unterstützt, dann musst du halt einen STUN-Server (egal welchen) verwenden.
Wenn du nun einen Router hast, welcher "symmetrisches NAT" verwendet, funktioniert STUN wieder nicht.
Das Problem ist bei "normalen" Providern (wie z.B. Sipgate) nicht so groß, da diese darauf eingestellt sind, Nachrichten mit privaten IP-Adressen zu bekommen. Die schicken dann ihre Meldungen dorthin, wo sie herkam - und dann passt es auch wieder.
Es bleibt also die Frage, was für einen Router du verwendest. Kannst du den Inhalt des Debug-Fensters nach dem Start (also mit Registrierung) mir per Mail zusenden? Vielleicht sehe ich darin ja auch das Problem.