In Phoner kann man unter Optionen/ISDN/Standort die eigene Länderkennung und die Vorwahl eingeben. 
Bei ISDN durfte man beispielsweise nicht die eigne Länderkennung voranstellen, wenn man im eigenen Land ist. Deshalb entfernt Phoner die Länderkennung. Im SIP-Modus passiert das jedoch nicht - da ist es manchmal sogar notwendig, dass man unbedingt die Länderkennung sendet. Das Ganze wird dann nicht sehr überschaubar. Da Phoner nun mal sehr auf ISDN spezialisiert ist und ISDN kaum noch Bedeutung hat, entwickle ich Phoner schon länger nicht mehr weiter. Stattdessen gibt es "PhonerLite" - das ist rein auf VoIP/SIP ausgelegt.
In PhonerLite kann man jedoch keine Outlook-Kontakte importieren (ich selbst habe seit vielen Jahren kein Outlook mehr), aber dafür Google-Kontakte. Aber auch hier ist es so, dass die Nummer so gewählt wird, wie sie vorliegt - lediglich Sonderzeichen wie Klammern werden entfernt. 

Davon abgesehen kann eigentlich jeder VoIP-Anbieter mit internationalen Nummern umgehen. Insofern wundert es mich, dass du kein +43670123456 (Beispiel) wählen kannst.