Wenn du unter anderem von "internen" Rufen redest, dann gehe ich davon aus, dass du eine Telefonanlage verwendest. Welche?
Wenn du ausgehende Rufe ins öffentliche Netz (Handy, Festnetz) tätigst, dann kommt üblicherweise das Freizeichen vom Amt - also als hörbarer Ton.
Welche Phoner-Version benutzt du? Kennst du Wireshark (www.wireshark.org)? Mit diesem Tool kann man den Netzwerkverkehr aufzeichnen. Für mich wäre es sehr hilfreich, wenn ich eine solche Aufzeichnung hätte, um zu sehen wo das Problem liegt. Man würde dann eben auch die empfangenen Audiodaten "sehen" und könnte dann analysieren, ob die Daten schon so schlecht sind, oder Phoner da Murks macht.
Für den Anfang würde es reichen, wenn du mir den Inhalt des Debug-Fensters von Phoner nach einem solchen Ruf per Mail zusenden könntest. Im Debug-Fenster (Fenster/Debug) bräuchte ich den Inhalt der letzten Seite (SIP).

Du kannst testweise mal in Phoner den G.722-Codec deaktivieren.
Ich habe hier eine Fritzbox 7390. Ich registriere mich dort und gehe von da per ISDN raus. Ich kann dabei keinerlei Problem feststellen - auch mit aktiviertem G.722 nicht.

Nachdem das bei mir funktioniert, kann ich dir leider nicht sagen, woran das liegt. Du kannst gerne mal eine andere Samplingfrequenz unter Optionen/Sound einstellen.

Das ist nur ein Anzeigeproblem - du hast auf die Detailansicht gestellt. Das hat aber nichts mit dem eigentlichen Problem zu tun.
Da ich das Problem mit den knarzenden "tuts" bei mir nicht nachstellen kann, kann ich auch nichts dagegen tun. Sorry. Dann müsstest du dich mal nach einer Alternative Umschauen.
Hast du ansonsten unter den Sound-Einstellungen etwas verstellt? Sieh Bild unten.