Das hier hast du schon einmal durchgelesen? https://forum.phoner.de/cgi-bin/yabb2/YaBB.pl?num=1286528780

PhonerLite unterstützt ZRTP (Konfiguration/Codecs). Wenn man das in PhonerLite aktiviert und ebenfalls bei der Gegenstelle - dann sollte die reine Sprachübertragung Ende-zu-Ende verschlüsselt sein. Es gibt auch andere Softphones, welche ZRTP unterstützen. 
Wenn es Probleme dabei gibt, kann man auch mal "ZRTP-Masquerade" aktivieren, welches per Kontextmenü von der ZRTP-Checkbox aufgerufen werden kann. Nach solchen Änderungen muss gespeichert werden, damit das auch Auswirkungen hat.

Ob ein Ruf E2EE benutzt (hier also ZRTP), sieht man an dem kleinen Icon. Der Tooltip (Mauszeiger kurz darüber verharren lassen) zeigt dann "ZRTP" an und eine kurze 4-stellige Kennung. Diese Kennung muss bei beiden Parteien identisch sein. Wenn das der Fall ist, ist der Rufe Ende-zu-Ende verschlüsselt.

Wenn du Fragen zu ZRTP hast, solltest du das hier mal lesen: https://de.wikipedia.org/wiki/ZRTP

Mit TLS und SRTP gibt es etablierte Verschlüsselungen, die allerdings immer nur zum nächsten Hop gelten. Zwischen PC (mit PhonerLite) und beispielsweise der Deutschen Telekom sind die Anrufe und Sprachdaten verschlüsselt - aber eben nur zwischen Telekom und PhonerLite. Die Telekom kann auch die Sprachdaten entschlüsseln, weil die Schlüssel für RTP über SIP (SDP) ausgetauscht werden.
Ganz vereinfacht ist das bei ZRTP so, dass die Schlüssel im RTP-Kanal per Diffie-Hellman ausgetauscht werden. Wenn das klappt, dann wird ebenfalls SRTP benutzt, aber der Schlüsselaustausch erfolgt Ende-zu-Ende. Deshalb ist es auch wichtig diese Kennung sich gegenseitig vorzulesen und somit zu vergleichen, weil nur dann gewährleistet ist, dass das Gespräch Ende-zu-Ende verschlüsselt ist.

PhonerLite unterstützt KEIN Video.

ZRTP verschlüsselt lediglich die eigentlichen Sprachdaten. Wer mit Wem telefoniert bleibt wie bisher - muss es ja auch. Du müsstest ansonsten eine reine Peer-to-Peer Verbindung aufbauen, also ganz ohne Provider.

Eingehende Videoanrufe werden als reine Audioanrufe behandelt und als solche wäre die Sprachverbindung auch verschlüsselt, wenn es denn auf beiden Seiten unterstützt wird.

Wenn keine übereinstimmenden Audio-Codecs ausgehandelt werden, kommt der Ruf nicht zustande.
Worauf willst du hinaus? Hast du das Problem, dass dich die Gegenstelle nicht hört oder anders herum?

Versehentlich kann das nicht angezeigt werden. Viel eher wird es gar nicht angezeigt, weil du keine kompatible Gegenstelle hast.

Eine ZRTP-Aushandlung erfolgt immer unmittelbar nach der Rufannahme. Der Audio-Kanal (eventuell unverschlüsselt bisher) wird ja benutzt, um den Schlüsselaustausch zu starten. Das geschieht aber aufgrund der Konfiguration und nicht durch eine Aktion des Benutzers. Eine Nachträgliche vom Benutzer-initiierte ZRTP-Aushandlung ist NICHT in PhonerLite vorgesehen.
Wenn du mit "Gruppenruf" eine Konferenz meinst: Eine Konferenz besteht aus mehreren Einzelrufen. Jeder einzelne Ruf hat seine individuelle Aushandlung. Bei einer 3er-Konferenz kann es also durchaus passieren, dass nur ein Ruf per ZRTP eine E2EE nutzt und die anderen beiden Teilnehmer unverschlüsselt teilnehmen.

All das wird es in PhonerLite NICHT geben. Wenn du das brauchst, solltest du Linphone benutzen. Ich entwickle PhonerLite als reines Hobby-Projekt für meine persönlichen Anforderungen - mehr nicht.